La historia clínica tal y como la conocemos en occidente tiene sus orígenes en registros antiquísimos que datan de casi cuatro milenios. Por cronología los egipcios (1600 a. C) tienen los primeros registros en papiros, luego la escuela de Cos (V a. C) dio lugar al primordio de un caso clínico ("Epidemias I y II"), después famosos médicos "árabes" de la edad media incorporaron y perfeccionaron los conocimientos hipocráticos manteniendo viva la intención de recopilar la información médica. Por último, con el fortalecimiento del naturalismo y racionalismo a partir del siglo XVII la escuela francesa (clínica) y la alemana (laboratorio <paraclínica>) fueron detallando los rasgos de la estructura de la historia clínica moderna (ver: Historia Clínica: definición practica).
Hay que resaltar otros hitos históricos como el ocurrido en el Hospital de Nueva York (1808) con el registro sistemático de casos ("Hospital Case Book") para la posterior consulta académica de los médicos tratantes. No obstante, la historia clínica en la cabecera del paciente solo ocurrió hasta finales del siglo XIX (1898) cercano al momento en que empezó a profesionalizarse/especializarse la medicina y estructurarse reconocidas instituciones de los Estados Unidos motivadas por los requisitos del Reporte Flexner. En esta corriente, el Dr. Henry Plummer (Fundador de la Clínica Mayo) introdujo el concepto de número de historia clínica con el cual se recopilaron todos los registros a nombre de un paciente en un solo archivo para facilitar su posterior recuperación. Más tarde, también en Nueva York, se conformó la primera Unidad de Historias Clínicas en el Hospital Presbiteriano en busca de un formato estandarizado y de vigilar la correcta realización de este documento. A pesar de los esfuerzos, problemas como la legibilidad, oportunidad y vulnerabilidad del registro en físico ("a mano o máquina") no fueron superados sino hasta la introducción y difusión de los ordenadores (computadores) a finales del siglo XX. Este avance se vio influenciado por los aportes didácticos del Dr. Weed que dinamizó el esquema de la historia clínica con el "método SOAP" que es muy popular hasta la fecha.
Lamentablemente, el progreso ha venido acompañado de nuevas amenazas, principalmente para la relación médico-paciente que es per se él sustrato fundamental para poder realizar una historia clínica de calidad. Muchos críticos señalan que el médico es eclipsado por la pantalla del computador, y se encuentra más preocupado por teclear que por escuchar atentamente a su interlocutor.
Dependerá de cada uno dar un uso adecuado a los beneficios que aportan las nuevas tecnologías que aún mantienen vivo uno de los actos médicos más antiguos e importantes: el registro en la historia clínica.
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